Zarząd spółki jest organem dwuosobowym. Do jego kompetencji należy zarządzanie przedsiębiorstwem i koordynowanie pracy poszczególnych struktur organizacyjnych w celu zapewnienia właściwej realizacji zadań zleconych przez ZKM Gdynia oraz sprawnej obsługi mieszkańców miasta.
Do jego obowiązków należy także reprezentowanie firmy i współpraca z organami władzy państwowej i samorządowej oraz innymi przedsiębiorstwami.
W skład Zarządu spółki wchodzą:
dr Piotr Małolepszy – Prezes Zarządu
inż. Tomasz Labuda – Zastępca Prezesa Zarządu